Цель исследования - установление закономерностей формирования биогенного режима р. Нарвы. На основе экспериментальных данных по определению расходов и концентраций химических элементов за многолетний период наблюдений с 1992 по 2019 г. выявлен тренд уменьшения содержаний биогенных элементов за последние 14 лет, что является следствием снижения антропогенной нагрузки за счет реконструкции очистных сооружений на эстонской и российской стороне. Анализ внутригодового изменения содержаний биогенных элементов показал устойчивый рост содержания соединений азота в период половодья при максимальном водном стоке и увеличении содержания фосфора в поздний летний и осенний периоды. Это указывает на значительное влияние вод Чудско-Псковского озера и Нарвского водохранилища, определяющих внутриводоемные процессы, усиливающиеся в конце вегетационного периода. Рассчитанные значения показателей стока на основе экспериментальных данных среднегодовых расходов воды и ежемесячных определений концентраций минеральных, биогенных и органических веществ за период с 1992 по 2019 г. составляют: ионный сток 43.1 т/км2, валовый фосфор 9.8 кг/км2, валовый азот 142 кг/км2, органические вещества 2.75 т/км2, что соответствует фоновым значениям показателей стока Балтийского региона. Важно отметить, что за период с 1993 по 2006 г. значительно более высокие показатели стока для фосфора фосфатов и азота нитратов соответствовали литературным данным показателей стока с мелиорированных сельскохозяйственных районов, что также указывает на значительное снижение биогенной нагрузки на р. Нарву в последнее десятилетие, с 2006 по 2019 г.