В статье рассматривается проблема инновационного развития сельских территорий России в контексте дефицита кадров в агропромышленном секторе экономики. Цель исследования – выявить институциональные и социально-экономические факторы снижения кадрового потенциала в агросекторе и проанализировать влияние этих факторов на инновационное развитие сельской экономики. Особый акцент сделан на вопросах кадрового обеспечения научно-образовательной деятельности в области сельского хозяйства. Информационная база исследования включала данные Росстата, статистических сборников «Индикаторы науки», региональных исследований и результаты опросов учащихся, выпускников и молодых специалистов, проживающих в сельской местности. Показано, что ключевыми причинами «утечки мозгов» из сельскохозяйственных территорий являются низкое качество инфраструктуры малых городов и сел, низкая мотивация для переезда в сельскую местность, слабая эффективность программ занятости и популяризации жизни в сельских и отдаленных территориях. В качестве направлений трансформации кадровой политики в сельской экономике, на которых должны быть сконцентрированы усилия федеральных и региональных органов власти, отмечены совершенствование системы целевого обучения, обновление образовательных программ и программ повышения квалификации в соответствии с актуальным научно-техническим уровнем отрасли, развитие партнерства научно-исследовательских организаций и агропредприятий, и создание системы поддержки сельского предпринимательства. Полученные результаты могут быть использованы для формирования федеральных и региональных стратегий устойчивого развития и развития кадрового потенциала в сельской экономике.