Статья посвящена исследованию взаимосвязи анализа регионального и отраслевого уровней обеспечения экономической безопасности, поиску возможности совершенствования применяемого методического инструментария. Автором уточняется сущность понятий региональной и отраслевой экономической безопасности, выявляются основные проблемы, с которыми сталкивается исследователь при проведении анализа уровня экономической безопасности, определяются пути повышения качества аналитической работы. Региональная экономическая безопасность рассмотрена с позиции системного подхода, определены взаимосвязи между подсистемами единой многоуровневой системы экономической безопасности, определено значение анализа факторов и условий, которые являются источниками, соответственно, угроз экономической безопасности и возможностей развития объекта анализа. Предложена последовательность этапов анализа мезоуровня экономической безопасности, уточнен подход к формированию перечня показателей для оценки отраслей, составляющих экономический потенциал региона.