Предметом данной статьи является изучение проблемы реформирования налоговой системы с целью повышения эффективности использования налоговой экспертизы как элемента налогового контроля. Авторами составлена классификация различных видов экспертной деятельности и обозначены отличительные особенности разных подходов к проведению экспертизы в рамках судебного рассмотрения налоговых споров и налоговой экспертизы как элемента системы налогового контроля; проведён анализ факторов, способствующих увеличению влияния налоговой экспертизы в рамках текущего этапа реформирования налоговой системы; дана характеристика основных аспектов правового регулирования экспертизы в налоговом законодательстве и в иных нормативных актах, регламентирующих организацию экспертной деятельности. Изучение практики применения существующих правовых норм использования налоговой экспертизы как доказательной базы при налоговых спорах позволило выявить ряд проблем правового и процедурного характера, а также предложить возможные пути их разрешения.