Актуальность. Проблема сбалансированного и устойчивого развития сельских территорий чрезвычайно актуальна в настоящее время, особенно в условиях углубления локализации и возрастания роли природно-ресурсных факторов. Цель исследования. Целью статьи является разработка теоретико-методологических аспектов устойчивого развития территорий на основе экосистемного подхода для формирования единой многоуровневой стратегии их развития. Данные и методы. В статье обосновано применение экосистемного подхода к развитию сельских территорий с малыми городскими поселениями для повышения эффективности сельского бизнеса, оптимизации расходования бюджетных средств за счет приоритизации получателей государственной поддержки, стимулирования устойчивого развития предприятий и отрасли, повышения согласованности региональной экономической политики. Представлены концептуальные основы этого подхода и предложен алгоритм выбора участников сельской экосистемы. Результаты. Предложенный подход позволяет операционализировать процессы самоорганизации в экосистеме, обеспечить сбалансированность процессов взаимодействия ее участников. Результаты исследования вносят определенный вклад в решение проблемы формирования территориальной социально-экономической экосистемы посредством разработки алгоритма выбора целевых показателей достижения целей устойчивого развития с учетом специфики и тенденций развития территорий. Выводы. Выводы, вытекающие из проведенного исследования, предоставляют ученым и государственным органам необходимую информацию для лучшего понимания практических механизмов и инструментов обеспечения сбалансированного развития территорий, обеспечения перехода от фрагментарных бессистемных мер государственной поддержки к эффективной дифференцированной и адресной региональной политике.