В статье предложена концептуальная модель системы обеспечения экономической безопасности региона, реализуемая контрольными органами исполнительной власти субъекта Российской Федерации. Обосновывается актуальность создания интегрированной системы, направленной на предотвращение экономических угроз и минимизацию их негативных последствий. Рассмотрены ключевые теоретические подходы к определению экономической безопасности, а также их адаптация к региональному уровню. Описаны теории, положения которых должны использоваться для решения проблем обеспечения экономической безопасности региона, субъекты и объекты обеспечения экономической безопасности региона контрольными органами исполнительной власти. Результаты исследования могут быть использованы для оптимизации работы региональных органов власти, повышения устойчивости социально-экономических систем и разработки стратегий экономической безопасности.