Исследовали полиморфизм микросателлитов у 85 быков- доноров семени следующих пород и типов: холмогорской (38 гол.), голштинской (10), печорского типа холмогорской породы (17), и кроссированных печороского типа с классической холмогорской породой (20 гол.). Генотипировали особей по 15 локусам микросателлитов. Наибольшее число специфических аллелей выявили в группе быков холмогорской породы. Максимальную генетическую дистанцию установили между печоро-холмогорскими быками и быками голштинской породы (DN 0,237, FST 0,045). Подразделение всего массива на два кластера в программе Strukture подтвердило высокую генетическую дифференциацию кроссированных и чистолинейных быков печорского типа холмогорской породы с голштинской. Генетическое различие голштинской породы с классической холмогорской было ниже. Средняя вероятность членства в первом кластере быков голштинской породы составила 0,107±0,039, во втором - 0,893±0,039, быков печорского типа холмогорской породы соответственно 0,828±0,052 и 0,172±0,052, печоро-холмогорских быков - 0,860±0,019 и 0,140±0,019, быков классической холмогорской породы соответственно 0,633±0,046 и 0,367±0,046. Сведения о числе эффективных аллелей на локус, гетерозиготности и индексах фиксации в группах животных разной генеалогии и породности не дали значимой информации об их внутрипопуляционной генетической структуре и дифференциации, которую можно было бы использовать в практической работе по поддержанию генетического разнообразия и воспроизводству сохраненного генофонда породы. Кластерный анализ при k=3 и k=4 позволил выявить и детализировать структуру и степень генетического различия между группами и, таким образом, получить дополнительную информацию для планирования и реализации генофондосохранных мероприятий.