В статье обоснованы основные направления оптимизации научной деятельности медицинских организаций на основе процессно-ориентированных методов управления (на примере Новосибирского НИИ травматологии и ортопедии имени Я.Л.Цивьяна). В основу исследования положен принцип процессного подхода - один из основополагающих принципов модели TQM (Total Quality Management), наиболее эффективной концепции управления на основе качества. При разработке системы организации научной деятельности на основе процессного подхода ключевая роль отводится планированию, а также методологии научных исследований. Для всех этапов научно-исследовательской деятельности детально разработаны процессы планирования задач, их выполнения и формирования отчётности с определением ответственности за все виды выполняемых работ, с разработкой форм необходимых документов, используемых при организации научных исследований; стандартизированы подходы к выпуску научной продукции и разработаны регламенты процессов по каждому её виду. Разработка процессов проводится на основе требований нормативной документации с учётом современных подходов к организации научных исследований. При этом все документы, содержащие требования к процессам, пересматриваются и актуализируются с установленной периодичностью с учётом изменений в нормативной документации. Разработка и внедрение системы организации научной деятельности на основе процессного подхода позволяют медицинской организации достигнуть соответствия современным требованиям к проведению исследований, а также повысить качество и эффективность научной деятельности. Накопленный положительный опыт может быть использован в организациях, которые стремятся повысить результативность своей научной деятельности и соответствовать современным требованиям к её результатам.