В данной статье проведен анализ подходов к определению управленческих аспектов репутационной составляющей научно-образовательных организаций в условиях влияния цифровой экономики и трансформаций современных научно-образовательных организаций. В результате предложено авторское осмысление цифровой трансформации научно-образовательных организаций, развития образования и учета репутационного капитала через срез плоскостей «виртуально-реального куба». В статье высказано мнение о том, что под управлением репутационным капиталом следует понимать сложный и непрерывный процесс целенаправленного воздействия субъектов управления на взаимоотношения научно-образовательной организации во всех ее проявлениях и групп общественности, ориентированный как на внутреннюю, так и на внешнюю среду организации, в том числе виртуальную среду, а приоритетными направлениями для повышения репутационной составляющей являются: оцифровка деятельности, автоматизация, работа с искусственным интеллектом, внедрение цифровых технологий на всех уровнях экономической агрегации.